現象
大量にファイルあるはずなのに File not found. になってしまう。

対応
$ sudo vim /etc/httpd/conf/httpd.conf
<IfModule dir_module>
DirectoryIndex index.html index.cgi index.php
</IfModule>

$ sudo systemctl restart httpd
これでディレクトリがどれだけ深くてもちゃんと追って(その中にあるファイルを全て)リストしてくれる。
fedora30から40に移行したときに、httpd.confの移植がうまくいってなかったらしい。ぼちぼち直していく。